美国FBI探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）童年时曾经历一起离奇神秘的绑架案，他的妹妹萨曼莎在睡梦中被外星人劫持，至今下落不明。从此穆德便专注于神秘事件的研究，并专门负责FBI总部的X档案部门。因穆德行事乖…

　　继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴…

　　在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowl…

　　Mulder在医院被Fowley监管着。他想办法请来了Skinner和Kritschgau来帮忙，他们了解到Mulder拥有了CIA一直在研究的读心术。Scully在象牙海岸寻找治愈Mulder的办法。Mulder的病情加重了。

　　穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）被外星反叛者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）亦同时发现自己怀有身孕。穆德的办公室被搜查，斯科莉请求Skinner（Mitch Pileggi 饰）帮助寻找搭档，孤枪侠也参与…

　　Doggett不顾众人的阻拦坚持调查，他开始着手调查一个环保署职员死亡的案件。

当魅力四射的高智商美女Freddy与脆弱且富有同情心的前儿童兵Baba相遇，欲望点燃了彼此心中的黑暗，将他们变成了一对危险的杀手搭档。与此同时，对犯罪心理的罪责观念有着巨大分歧的DS Lola Franks和DI Jackson Mendy被指派共同…

　　屁股长在脸上的少女，没有眼睛的妓女，脸部畸形的妇人，想变成美人鱼的男孩，侏儒女想要孩子，他们因为外貌的丑陋，而活在自卑痛苦之中。